En 1878, el jardí s'estén cap al nord arribant al Passeig de la Petxina i es configura com actualment el coneixem.

El primer director del Botànic, en la seua nova instal·lació del carrer Quart, va anar Vicente Alfonso Lorente, a principis del segle XIX. El nou jardí acollirà els planters sobre un sistema de quadres (sistema de Linneo).

Aquest inici del jardí serà interromput per la invasió de l'exèrcit francés i la Guerra de la Independència, que en aquesta zona de València va ser molt destructiva. Lorente, el director del Botànic, va ser fet presoner pels francesos i condemnat a mort. Es va salvar per la intervenció al seu favor del botànic francés León Dufour.