En 1878, el jardín se extiende hacia el norte llegando al Paseo de la Pechina y se configura como actualmente lo conocemos.

El primer director del Botánico, en su nueva instalación de la calle Quart, fue Vicente Alfonso Lorente, a principios del siglo XIX. El nuevo jardín acogerá los planteles sobre un sistema de cuadros (sistema de Linneo).

Este inicio del jardín será interrumpido por la invasión del ejército francés y la Guerra de la Independencia, que en esta zona de Valencia fue muy destructiva. Lorente, el director del Botánico, fue hecho prisionero por los franceses y condenado a muerte. Se salvó por la intervención a su favor del botánico francés León Dufour.