La época de esplendor del Jardín Botánico de Valencia llegó con el catedrático de botánica Félix Pizcueta, que dirigió el Botánico de 1829 a 1863. Pizcueta aclimató plantas exóticas y mejoró la colección botánica. En el año 1843, Félix Pizcueta sustituye la organización de Linneo por el método natural de Endlicher.