Después de la conquista de Valencia por Jaime I, los jardines de Ruzafa se convirtieron en tierras de labor con alquerías ocupadas por los conquistadores. El ejército de Jaime I se instaló en Ruzafa para dirigir desde aquí el asedio y la conquista de Valencia. Aquí también se firmaría la rendición de la Valencia musulmana, el 28 de septiembre de 1238.

Desde 1811 y hasta 1877, Ruzafa fue un pueblo independiente de Valencia.