El magnífic claustre renaixentista té dos pisos. Les columnes de la planta baixa són de tipus toscà i les del primer pis de tipus jonicoromà. Va ser construït per Guillem del Rei. En el centre hi ha una estàtua del Patriarca Sant Joan de Ribera, realitzada per Marià Benlliure en 1896, i situada on antigament hi havia una font del segle XVII.

A través del claustre es puja per una escala al Museu del Patriarca, un xicotet museu on es troben obres de grans artistes com Francisco Ribalta, José Ribera, Andrea del Sarto, etc., destacant entre les obres un magnífic tríptic del pintor flamenc Dirck Bouts.